Режим контртеррористической операции (может быть введен и отменен руководителем ФСБ или уполномоченным лицом по его поручению. Для крупномасштабных операций директор службы информирует высших должностных лиц, включая президента, премьер-министра и председателей обеих палат парламента. Обычно КТО включает в себя координацию действий различных ведомств, таких как военные, нацгвардия, полиция и спасатели, в оперативном штабе.
Режим КТО, установленный на основании закона «О противодействии терроризму», предполагает ряд мер и временных ограничений. В рамках этого режима властям предоставляется право проводить досмотры машин и людей, контролировать телефонные переговоры и использовать транспортные средства. Также могут быть приостановлены опасные производства, введен карантин и ограничено движение автомобилей и пешеходов.
Несоблюдение мер и временных ограничений, установленных в рамках режима КТО, влечет за собой штрафы. Гражданам грозит штраф до 500 рублей, для должностных лиц предусмотрены штрафы от 1000 до 3000 рублей, а организации могут быть оштрафованы на сумму от 5000 до 10 000 рублей. Нарушения, такие как несанкционированное проникновение на территорию, могут также привести к штрафам в размере от 500 до 1000 рублей, а за воспрепятствование проведению контртеррористической операции грозит штраф или арест на 15 или 30 суток. СМИ также могут быть оштрафованы за нарушение условий освещения контртеррористической операции.